Berdasarkan Rencana
Strategi (Renstra) Universitas Muhammadiyah Surabaya pada tahun 2001-2010 dalam
butir F. Pembukaan Program baru, yang salah satunya adalah membuka program Pascasarjana. Sebagai langkah awal pada tahun 2002, mendirikan
Magister Studi Islam. Dalam proses pendiriannya mengalami kendala dengan adanya
ketentuan dari Depag RI bahwa untuk sementara tidak diperbolehkan mendirikan
Program Studi baru baik program S1 maupun program S2, dan jika berkeinginan
membuka supaya memanfaatkan Pendidikan Tinggi Agarna yang sudah ada.
Oleh karena ketentuan
tersebut, maka selama menunggu kebijakan baru dari Depag RI, Universitas
Muhammadiyah Surabaya bekerjasama dengan Universitas Muhammadiyah Yogyakarta
untuk menyelenggarakan Program Pascasarjana Magister Studi Islam dengan
Konsentrasi Pemikiran Hukum Islam dan Psikologi Pendidikan Islam.
Pada tahun 2003 Depag
RI membolehkan kembali pembukaan Program Studi baru Program S1 dan S2.
Universitas Muhammadiyah Surabaya mengajukan pembukaan Program Pascasarjana
Magister Studi Islam dengan Program Studi Hukum Islam dan Pendidikan Islam.
Pada tahun 2004. Depag RI Cq. Dirjen Bagais menerbitkan SK Dj.II/363/2004 yang
merupakan izin operasional Magister Studi Islam Program Studi Pendidikan Islam
dengan konsentrasi Pemikiran Pendidikan Islam. Pada tanggal 10 Maret 2007,
Universitas Muhammadiyah Surabaya mengajukan izin perpanjangan dengan surat No.
055/II.3.AU/A/2007
beserta berkas kelengkapannya. Pada tanggal 10 Juli 2007 terbitlah Surat
Keputusan Direktur Jendral Pendidikan Islam Departemen Agama RI Nomor :
Dj.I/258/2007 tentang perpanjangan izin Penyeienggaraan Program Studi
Pendidikan Islam jenjang Strata Dua (S2) pada Universitas Muhammadiyah
Surabaya, yang berlaku selama 5 (lima) tahun.
Kemudian pada tanggal
31 Juli 2009 berdasarkan SK Dirjen Pendidikan Tinggi Departemen Pendidikan
Nasional RI Nomor: 1272 /D/T/2009 memberikan idzin penyelenggaran program studi
Pendidikan Bahasa dan Sastra Indonesia jenjang program pascasarjana (S2) pada
Universitas Muhammadiyah Surabaya.